La violencia asociada al crimen organizado fomentó una fuerte autocensura, en especial en el interior del país. Al cubrir temas peligrosos, los periodistas escribieron, en ocasiones, sin firmar sus artículos, pero aún así muchos fueron atacados y amenazados. La violencia incesante causó el asesinato de dos periodistas y el secuestro de un tercero.
Las bandas delictivas, conocidas como maras, y los grupos paramilitares que quedaron como rezago de la guerra civil que asoló al país por tres décadas siguieron aterrorizando a Guatemala. Pero en los últimos años, el país, además, se convirtió en parte importante de un corredor a través del cual circula la droga desde Colombia hacia los Estados Unidos. Como resultado de la rivalidad entre las bandas por el control de las rutas para el contrabando se registró una escalada en los crímenes vinculados al narcotráfico. Sergio Morales, Procurador de Derechos Humanos, afirmó que en promedio unas 16 personas por día fueron asesinadas. Nueve de 10 asesinatos quedaron sin resolver, contó Morales al CPJ.
Los reporteros que trabajan en el interior del país no cubrieron temas conflictivos por temor a represalias, destacó Ileana Alamilla, directora del grupo de prensa local Centro de Reportes Informativos sobre Guatemala (Cerigua). Según una encuesta de 2008 realizada por Cerigua en nueve regiones guatemaltecas, los periodistas locales explicaron que temían informar sobre el narcotráfico, el crimen organizado, las maras y la corrupción. Equipos de investigación que trabajan para publicaciones de la ciudad de Guatemala viajaron ocasionalmente desde la capital para cubrir estos temas, pero muchas de las notas aparecieron sin firma, confirmó Alamilla.
En la tarde del 12 de mayo, un agresor no identificado disparó y dio muerte a Jorge Mérida Pérez, corresponsal del diario Prensa Libre, quien cubría narcotráfico y corrupción en el departamento suroccidental de Quetzaltenango. El reportero recibió cuatro balazos mientras trabajaba en la computadora de su hogar en la ciudad de Coatepeque, 130 millas (210 kilómetros) al sudoeste de la capital, según informes de prensa y fuentes del CPJ. Mérida había recibido múltiples amenazas las semanas anteriores. Las autoridades a cargo de la investigación aseveraron que investigaban las posibles vinculaciones entre la labor periodística de Mérida y su asesinato, aunque no habían podido confirmar el motivo.
La prensa se vio sacudida por tres episodios violentos que involucraron a El Periódico de Ciudad de Guatemala. No está claro si el diario fue blanco de los ataques o si simplemente quedó atrapado en la violencia generalizada de la capital guatemalteca.
José Rubén Zamora, presidente de El Periódico, fue secuestrado cuando salía de un bar en las afueras de la Ciudad de Guatemala en la madrugada del 20 de agosto, según informes de prensa y fuentes del CPJ. Zamora, quien recibió en 1995 el Premio Internacional a la Libertad de Prensa del CPJ, fue hallado inconciente en el vecino departamento de Chimaltenango ocho horas después, sin su teléfono celular ni su billetera. En octubre, un juez de la ciudad de Guatemala envió a dos hombres y a una mujer a la cárcel por acusaciones de secuestro, robo, engaño intencional y conspiración, informó El Periódico. Los acusados sostuvieron su inocencia, afirmó El Periódico. Periodistas locales expresaron escepticismo de que los verdaderos responsables hayan sido condenados ya que Zamora y su familia fueron víctimas de un brutal ataque en su hogar en 2003. Varios colegas comentaron que Zamora se ha ganado muchos enemigos como resultado de años de investigar el crimen organizado y la corrupción.
El día del secuestro de Zamora, un grupo de hombres no identificados siguió a Oscar Ismatul, reportero de la unidad de investigación de El Periódico, cuando partía de las oficinas del diario en la Ciudad de Guatemala, el periodista relató al CPJ. El Periódico afirmó en una declaración que los hombres habían alcanzado a Ismatul y le habían advertido: “Cállate y deja de hablar”. Los atacantes le arrebataron el bolso, junto con un apuntador y documentos que usaba para un artículo, agregó el periodista.
Un diseñador gráfico que trabajaba en El Periódico, Abel Girón Morales, murió el 22 de octubre luego de que una flecha impactara en su corazón, afuera de su hogar en la Ciudad de Guatemala, según informes de prensa y entrevistas del CPJ. Los testigos citados en El Periódico indicaron que individuos no identificados habían disparado la flecha desde un vehículo utilitario deportivo negro estacionado frente al hogar del periodista durante al menos tres horas. Las autoridades informaron a la prensa que no harían públicas las indagaciones por temor a perjudicar la investigación.
En al menos dos casos, periodistas que cubrían casos de corrupción local recibieron amenazas de muerte. Un equipo de tres reporteros que trabajaba para Radio Tamazulapa en la región de Jutiapa recibió amenazas anónimas en marzo luego de haber criticado a funcionarios del gobierno local, según informes de prensa. Un mes más tarde, Cerigua reveló que José Pelicó Pérez, uno de sus propios periodistas de investigación, había recibido varias amenazas de muerte telefónicas. En ambos casos, los periodistas presentaron denuncias ante las autoridades locales.
Periodistas que cubrieron manifestaciones públicas fueron a menudo blanco de ataques y agresiones por parte de los manifestantes, según reveló la investigación del CPJ. En marzo, manifestantes en San Juan de Sacatepéquez, cerca de la Ciudad de Guatemala, tomaron de rehenes a un grupo de cinco periodistas durante una hora, golpeándolos con piedras y amenazando con prenderles fuego. Según Cerigua, los manifestantes protestaban contra una compañía cementera local. Eduardo García, camarógrafo de la estación nacional de televisión Telecentro 13, recibió un disparo en la espalda el 9 de abril cuando cubría un enfrentamiento entre residentes locales y la policía en San Juan de Alotenango, una pequeña ciudad 18 millas (30 kilómetros) al oeste de la Ciudad de Guatemala, según relataron sus colegas al CPJ. Ese mismo día, los manifestantes también golpearon a María Teresa López, corresponsal de Prensa Libre y de la radio Emisoras Unidas, y la obligaron a entregarles su cámara y su teléfono celular. Un grupo de manifestantes en San Juan de Sacatepéquez tomó de rehén a José Manuel Patzán, corresponsal local Emisoras Unidas, un mes después mientras cubría enfrentamientos entre la policía y residentes que exigían la liberación de un hombre acusado de trata de personas, según informes de la prensa local.
En un acontecimiento alentador ocurrido en septiembre, el Congreso sancionó, de modo unánime, la Ley de Acceso a la Información Pública que permite a los guatemaltecos solicitar y recibir información sobre instituciones públicas y funcionarios del gobierno. El Presidente Álvaro Colom firmó la ley en octubre y estaba preparada para entrar en vigencia en enero de 2009. Los periodistas locales elogiaron la aprobación de la ley como un paso adelante hacia la transparencia en el gobierno.
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